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Identificación de polimorfismos para el desarrollo de marcadores
moleculares a través de técnicas bioinformáticas
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P.M. Corva1, L.A.
Soria2,
M. Pérez Cenci3
y N. Giovannini1.
1Unidad Integrada Balcarce (EEA-INTA
y Facultad de Ciencias Agrarias, UNMDP).
2Facultad de Ciencias Veterinarias,
UBA. 3Facultad
de Ciencias Exactas, Químicas y Naturales (UNaM).
pcorva@balcarce.inta.gov.ar |
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Introducción
La disponibilidad de secuencias de ADN en bases
de datos de libre acceso facilita la utilización de metodologías
bioinformáticas para la investigación en genómica. Una de esas
aplicaciones aprovecha las colecciones de EST (Expressed
Sequence Tags), que son fragmentos de largo variable
correspondientes al ARNm de un organismo.
La colección de EST representa un proceso de
muestreo que puede utilizarse para estudiar la variabilidad de una
especie, mediante la identificación de SNP (Single Nucleotide
Polymorphisms). |
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Objetivo
Desarrollar un marcador molecular en el gen
bovino de Calpastatina (CAST), de interés por su relación con
diferencias genéticas en la terneza de la carne, mediante la
identificación de polimorfismos en EST. |
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Figura 1. Click para ampliar |
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Materiales y Métodos
Se recuperaron de Genbank 97 secuencias
correspondientes al gen CAST de Bos taurus (Acceso: 08/06/05) y se
alinearon con el programa CAP3 (http://deepc2.psi.iastate.edu/aat/cap/cap.html).
Los contigs resultantes fueron
procesados con el programa AutoSNiP (http://hornbill.cspp.latrobe.edu.au)
(Figura 1).
Para distinguir polimorfismos genuinos de los
errores de secuenciación se estableció un criterio de “redundancia”:
ambos alelos de un polimorfismo real debían aparecer repetidamente en
una posición dada del contig. Para la selección de
enzimas de restricción se utilizó el programa WebCutter (http://www.firstmarket.com/cutter/cut2.html).
El ADN se obtuvo de muestras de carne con métodos
standard. Las frecuencias alélicas y genotípicas se evaluaron en una
muestra de 129 novillos de grupos genéticos diversos. |
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Figura 2. Click para ampliar |
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Resultados
Tres potenciales SNP en la región 3’-UTR
cumplieron con el criterio de redundancia. El más cercano a la región
codificante (SNP2870, A/G) se eligió para diseñar un marcador
utilizando un sistema PCR-RFLP (enzima Tsp509I; New
England Biolabs, Beverly, MA) (Figura 2).
Las frecuencias alélicas globales fueron
intermedias (A = 0,47 y G = 0,53), aunque se evidenció una tendencia a
una mayor frecuencia del alelo A en Angus y sus cruzas, en oposición a
animales mayoritariamente Hereford y cruzas con Limousin (Cuadro 1). |
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Cuadro 1: Número de individuos por
genotipo (frecuencia entre paréntesis) y frecuencias alélicas para el
SNP2870 en una muestra de novillos de grupos genéticos varios.
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A: Angus; AX: 80% Angus; H: Hereford, LX:
Limousin x (HA/AH). |
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Conclusiones
Se confirmó en una población local la presencia
de un SNP en el gen CAST que había sido predicho por métodos
bioinformáticos.
Este ejercicio reafirma el potencial de una
estrategia de fácil acceso y bajo costo. El nuevo marcador puede ser
utilizado en estudios de asociación para analizar diferencias
genéticas en terneza de la carne. |
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